Поселение изначально было основано служилыми людьми. Оно возникло как сторожевая застава. В древности в этих краях было место стоянок первобытных людей, о чём свидетельствуют обнаруживаемые при раскопках их орудия труда. Позднее данная территория являлась одним из участков южной границы Рязанского Княжества.

В документах 1680 года упоминается поместье князей Гагариных, по фамилии которых получило своё название село. Сложилось оно из двух населённых пунктов: деревни Новопокровское (Серпетчино) и села Никольское (Гагарино), расположенных по обеим берегам р. Ягодная Ряса. Село Никольское называлось так по деревянному храму святителя Николая Чудотворца, построенному в 1775 году.

В 1818 году помещик майор Лев Кузьмич Рогозин получил разрешение на строительство новой каменной церкви, так как старая деревянная церковь сгорела в 1825 году. Строительство каменной закончилось в 1828 году, освятили её в честь Рождества Христова. Каменная колокольня построена одновременно с церковью, а в 1879 году перестроена помещиком Львом Александровичем Тарасовым. В 1893 году трудами Л. А. Тарасова устроен новый иконостас, а старый передан в церковь села Гагино.

С 1892 года при храме находилась церковно-приходская школа, для неё в 1907 году было построено отдельное здание.

До закрытия церкви села Гагарино в ней хранились две пушки, из которых по праздникам делались холостые выстрелы. Местное предание гласит, что появились они в селе в 1703 году, когда через Гагарино проезжал в Воронеж государь Петр I. Для встречи его были вызваны из Раненбурга два взвода солдат с пушками, предназначенными произвести салют. Да так эти пушки в селе и остались…

 В 1932 году храм закрыли, после этого долгое время он использовался в качестве гаража для техники.

В 1993 году было принято решение о возвращении здания Христорождественской церкви верующим. С 1999 года зарегистрирован приход Христорождественской церкви, которому возвращают первоначальный вид.